Der er observeret ca. 160 forskellige fugle i Kværkeby Fuglereservat, herunder:
Agerhøne, almindelig ynglefugl
Allike, almindelig ynglefugl
Almindelig ryle, på gennemtræk
Atlingand, sjælden gæst
Bjergirisk, sjælden gæst
Bjergvipstjert, sjælden gæst
Blisgås, på gennemtræk - kun overflyvende
Blishøne, almindelig ynglefugl
Blå kærhøg, på gennemtræk
Blåmejse, almindelig ynglefugl
Bogfinke, almindelig ynglefugl
Bomlærke, sjælden gæst
Bramgås, sjælden gæst
Brushane, på gennemtræk
Bynkefugl, sjældengæst
Bynkefugl, sjælden ynglefugl
Bysvale, almindelig gæst
Canadagås, sjælden ynglefugl
Digesvale, almindelig ynglefugl
Dobbelt bekkasin, på gennemtræk
Dompap, almindelig gæst
Drosselrørsanger, flittig gæst forår 2020
Duehøg, sjælden gæst
Dværgterne, sjælden gæst
Ederfugl, sjælden gæst
Enkeltbekkasin, sjælden gæst (december 2022)
Engpiber, sjælden ynglefugl
Fasan, almindelig ynglefugl
Fiskehejre, almindelig gæst
Fiskeørn, ofte på gennemtræk
Fjeldvåge, almindelig gæst
Fjordterne, sjælden ynglefugl
Fuglekonge, almindelig gæst
Grå fluesnapper, på gennemtræk
Gransanger, sjælden ynglefugl
Gravand, sjælden ynglefugl, også hyppig gæst
Græshoppesanger, sjælden gæst
Grønirisk, almindelig ynglefugl
Grønsisken, almindelig gæst
Gråand, almindelig ynglefugl
Grågås, almindelig ynglefugl
Gråkrage, almindelig ynglefugl
Gråsisken, almindelig gæst
Gråspurv, sjælden ynglefugl
Gråstrubet lappedykker, almindelig ynglefugl
Grønbenet rørhøne, ses af og til
Gul vipstjert, sjælden gæst, sidst august 2014
Gulbug, sjælden ynglefugl
Gulspurv, almindelig ynglefugl
Gærdesanger, sjælden ynglefugl
Gærdesmutte, almindelig ynglefugl
Gøg, almindelig ynglefugl
Halemejse, almindelig gæst
Havesanger, almindelig ynglefugl
Havørn, almindelig gæst – kun overflyvende
Hjejle, på gennemtræk
Huldue, sjælden gæst
Husrødstjert, almindelig ynglefugl
Husskade, almindelig ynglefugl
Hvepsevåge, på gennemtræk
Hvid stork, på gennemtræk
Hvid vipstjert, almindelig ynglefugl
Hvidklire, på gennemtræk
Hvinand, almindelig gæst
Hættemåge – i kolonier, almindelig ynglefugl
Isfugl, meget hyppig gæst
Jernspurv, almindelig ynglefugl
Kernebider, sjælden gæst (sidst marts 2016)
Knarand, sjælden gæst
Knopsvane, almindelig ynglefugl
Krikand, på gennemtræk
Kvækerfinke, almindelig gæst
Kærsanger, almindelig ynglefugl
Landsvale, sjælden ynglefugl, også hyppig gæst
Lille flagspætte, sjælden gæst
Lille fluesnapper, sjælden gæst (2013)
Lille lappedykker, sidst set forår 2021 i åen
Lille præstekrave, sjælden ynglefugl
Lærkefalk, sjælden gæst (2013)
Løvsanger, almindelig ynglefugl
Mandarinand, sjælden gæst (2013)
Misteldrossel, på gennemtræk
Mosehornugle, sjælden gæst
Mudderklire, på gennemtræk
Munk, almindelig ynglefugl
Mursejler, almindelig gæst
Musvit, almindelig ynglefugl
Musvåge, almindelig gæst
Natravn, sjælden gæst
Nattergal, almindelig ynglefugl
Natugle, almindelig ynglefugl
Nilgås, sjælden gæst
Nøddekrige, sjælden gæst
Pibeand, på gennemtræk
Ravn, almindelig overflyvende
Ringdue, almindelig ynglefugl
Rovterne, på gennemtræk
Rød glente, almindelig overflyvende
Rødben, på gennemtræk
Rødhals, almindelig gæst
Rødrygget tornskade, sjælden gæst
Rødstjert, sjælden ynglefugl
Rørdrum, hyppig gæst
Rørhøg, sjælden ynglefugl, sidst 2014, også hyppig gæst
Rørhøne, almindelig ynglefugl
Rørsanger, almindelig ynglefugl
Rørspurv, almindelig ynglefugl
Råge, almindelig gæst
Sangdrossel, sjælden ynglefugl
Sanglærke, sjælden ynglefugl
Sangsvane, almindelig gæst
Sildemåge, sjælden gæst
Silkehale, sjælden gæst
Sivsanger, sjælden ynglefugl
Sjagger, almindelig gæst
Skarv, almindelig gæst
Skeand, sjælden ynglefugl
Skovhornugle, sjælden ynglefugl
Skovsanger, på gennemtræk
Skovskade, sjælden gæst
Skovsneppe, på gennemtræk
Skovspurv, almindelig ynglefugl
Skægmejse, fast gæst 2020 og 2021
Solsort, almindelig ynglefugl
Sorthalset lappedykker, sjælden gæst
Sortklire, på gennemtræk
Sortkrage, sjælden gæst
Sortspætte, sjælden gæst
Sortterne, sjælden gæst
Spidsand, sjælden gæst
Spurvehøg, almindelig gæst
Spætmejse, almindelig ynglefugl
St. Regnspove, på gennemtræk
Stenpikker, sjælden gæst
Stillids, almindelig gæst
Stor flagspætte, almindelig gæst
Stor præstekrave, sjælden gæst
Stor skallesluger, almindelig gæst
Stor tornskade, sjælden gæst
Stormmåge, almindelig ynglefugl
Strandhjejle, på gennemtræk
Strandskade, almindelig ynglefugl
Stær, almindelig ynglefugl
Sumpmejse, almindelig ynglefugl
Svaleklire, på gennemtræk
Svartbag, sjælden gæst
Sædgås, på gennemtræk - kun overflyvende
Sølvhejre, hyppig gæst, 2019, 2020 og 2021
Sølvmåge, almindelig gæst
Taffeland, almindelig gæst
Tinksmed, på gennemtræk
Toppet lappedykker, sjælden ynglefugl
Tornirisk, sjælden ynglefugl
Tornsanger, almindelig ynglefugl
Trane, på gennemtræk – kun overflyvende
Troldand, almindelig gæst, sjælden ynglefugl
Træløber, almindelig gæst
Tyrkerdue, sjælden gæst
Tårnfalk, almindelig ynglefugl, 2 par
Vandrefalk, sjælden gæst
Vandrikse, sidst set flere gange 2021
Vandstær, sjælden gæst
Vibe, almindelig gæst
Vindrossel, på gennemtræk